青島市衛生防疫站建站初期，僅設有四個科室，有職工62人，其中醫師7人，醫士14人，衛生員26人，行政后勤人員15人。建站以來，防疫站不斷健全科室充實隊伍，衛生監測水平穩步提升，疾病控制能力大幅提高，全市衛生防疫體系日益完善，各項衛生達標率逐年上升。因成績突出，防疫站多次榮獲“山東省文明單位”、“山東省文明行業示范窗口單位”、“全國衛生系統先進集體”、“全國衛生防疫防治工作先進集體”等榮譽稱號。1995年12月通過衛生部評審，成為全國首家“計劃單列市壹等站”。
1997年3月,經市政府批準決定將青島市衛生防疫站與有90多年歷史的青島市傳染病醫院合并組建“青島市疾病控制中心”。兩家歷史悠久的防治機構合并后，資源豐富，人才濟濟，實力雄厚，使青島市的疾病控制、衛生監測監督工作如虎添翼，充滿生機。
1999年6月,為適應衛生監督形勢的需要，市衛生局決定將市疾控中心的公共衛生監督部分劃出，單獨建立市衛生局公共衛生監督所，負責全市公共衛生監督執法任務。同時將全市的結核病、牙病、腫瘤、性病、麻風等疾病的社會防治任務劃歸疾病控制中心承擔。
2003年7月，經青島市編委（青編[2003]17號）批準，青島市疾病控制中心分設為青島市疾病預防控制中心和青島市傳染病醫院。
2016年2月5日，經青島市發改委批復，市公共衛生中心建設項目于取得立項。項目分為市民健康體驗中心，公共衛生檢測檢驗中心，公共衛生臨床中心三大部分。項目建成后，將極大改善全市公共衛生基礎設施條件，全面提升我市公共衛生服務能力和水平，最大限度滿足人民群眾防病需求，有力助推我市經濟社會更好更快發展。
2017年1月，經青島市編委批準，市衛生健康委正式組建青島市預防醫學研究院，與市疾控中心合署辦公，中心編制擴充至297人。研究院的成立，是青島市著眼衛生事業新發展、順應疾控事業新需求和把握健康發展新趨勢、不斷滿足群眾防病需求的重要舉措，標志著全市疾病防控事業邁入新時期。
2020年，根據全市事業單位改革部署，整合市衛生健康發展研究中心、宣傳教育中心、培訓服務中心等事業單位，組建新的疾控中心，加掛市預防醫學研究院、市衛生健康大數據中心牌子。

青島市疾病預防控制中心是青島市衛生健康委直屬的承擔政府疾病預防控制職能的公益一類事業單位和預防醫學研究機構，承擔全市疾病預防控制、公共衛生應急、衛生檢測檢驗、健康危害因素監測評估、預防醫學研究等職能。2020年，根據全市事業單位改革部署，整合青島市衛生健康發展研究中心、宣傳教育中心、培訓服務中心等事業單位，組建新的疾控中心，加掛青島市預防醫學研究院、青島市衛生健康大數據中心牌子。

青島市疾病預防控制中心不面向社會開展有償醫療衛生服務

中心內設管理部室9個，業務機構20個。
1.辦公室（審計部）
負責中心行政綜合管理、行政事務管理、績效考核評估、綜合信息、印鑒與文件管理、文件收發與流轉、打字與文印、檔案管理；負責中心財務收支及其有關經濟活動的審計；負責對基建項目的招標、資金的使用情況進行監督審計；負責對工程的預、決算，對物資采購和固定資產等物資管理的真實性、合法性進行監督審計。
2.人力資源部（黨群工作部）
負責中心黨務綜合管理，紀檢監察工作；負責干部、職工管理；負責人員招聘與調配、薪酬管理，人事檔案管理；承擔工會、婦委會、團支部事務等工作；承擔社團組織的兼職推薦和備案管理工作等。
3.業務管理部（應急管理辦公室）
負責中心業務工作管理，組織協調對中心和區市的業務指導及評價；負責中心綜合性業務文稿的起草、初審，衛生應急規劃與培訓，突發公共衛生事件危害及處置評估，突發公共衛生事件核實及報告；提供應急儲備的技術支持。
4.科教培訓部
負責科研項目申報與管理、圖書資料管理；負責制定繼續教育、普法教育與人員培訓計劃；負責職工外出學習、進修人員和實習學生的管理；負責中心外事工作管理，辦理各類因公出國審批、政審、簽證等事宜；負責中心職工學術論文的管理、實驗室人員業績檔案管理；承擔青島市預防醫學研究院辦公室日常業務工作。
5.網絡信息部
負責公共衛生信息化建設、管理、應用；網絡安全與信息化運行維護保障，督導衛生健康單位網絡安全管理；數據中心安全加固和整改；數據中心運行維護和各類辦公終端維護管理。負責政務云資源的申請、擴增、變更管理；網站、微博、公眾號等備案管理；負責衛生健康單位視頻會議系統和中心會議室多媒體設備的使用、管理和維護。
6.財務部
組織制定財務收支計劃、經費預算、決算和財務報表，定期分析檢查財務收支和預算執行情況；負責財務管理和會計核算、收入、支出管理、收費、票據管理及專項資金管理參與審查、擬定與中心有關的經濟合同或協議。
7.總務和安全保衛部
負責中心物資倉庫、非醫類應急物資倉儲管理；負責中心房產管理、基本設施維修管理；承擔中心基本建設項目的日常管理工作；負責中心辦公類固定資產和物資的管理；負責辦公物品的購置、管理、發放；負責制定和落實安全生產、綜合治理、消防管理工作規定與制度；開展安全生產綜合治理、消防安全教育工作；檢查監督重點部門執行安全生產、安全保衛等制度的落實情況；監督協調物業管理公司的物業管理服務及車輛規范停放。
8.設備與物資管理部（生物制品管理辦公室）
負責編制儀器設備及試劑耗材購置計劃；負責疫苗、設備管理；負責藥品器械倉庫的保管及衛生應急物質儲備；負責疫苗進銷存與市本級冷鏈管理；承擔儀器設備的計量測試認證工作。
9.政策發展研究部
負責健康政策、健康保障、衛生戰略與發展規劃的研究、咨詢、指導；承擔衛生健康政策制定的風險評估和實施監測評價與監督指導；負責收集、分析衛生健康管理體制及相關政策法規；參與衛生健康改革發展實踐，組織開展相關技術支持、咨詢指導。
10.傳染病防制所
負責擬定傳染病預防控制規劃、方案，組織開展本地區傳染病暴發調查處理和報告；負責腸道、呼吸道傳染病，自然疫源性疾病，新發傳染病及不明原因疾病預防控制；開展傳染病主動監測，收集、分析和報告傳染病監測信息，預測傳染病的發生、流行趨勢；管理轄區內疫情及相關傳染病防控工作信息。
11.性病艾滋病防制所
負責擬定全市性病艾滋病、麻風病防制對策和技術措施，組織開展性病、艾滋病、麻風病監測與控制工作，對收集的監測資料進行分析和報告；指導全市艾滋病感染者和病人管理、艾滋病免費抗病毒治療藥物管理工作；負責全市艾滋病疫情報告、自愿咨詢檢測門診、病例隨訪管理的業務指導和疫情網絡直報系統的維護工作；開展全市艾滋病性病行為干預的技術指導。
12.結核病防制所
負責全市結核病防控規劃實施；開展結核病疫情監測、重點人群結核病防控；指導參與結核病聚集性疫情現場處置；負責對轄區內的結核病防治工作進行技術指導；組織開展結核病防治健康促進工作；制定全市免費抗結核藥品采購計劃，并對全市抗結核藥品實施統一儲存、保管和分發。
13.消毒與病媒防制所
負責病媒生物監測與控制技術指導；病媒生物對常用殺蟲劑的抗藥性監測；指導參與傳染病流行暴發的現場消殺滅處置。
14.慢性非傳染病防制所
負責全市惡性腫瘤、心腦血管病、傷害等發病、死亡情況監測與報告，慢性病危險因素監測；負責心腦血管病、惡性腫瘤等慢病綜合防控；開展重點慢病和相關行為危險因素健康教育與促進；承擔重點慢病防控項目。
15.地方病與寄生蟲病防制所
負責地方病與寄生蟲病控制、監測，流行病學調查，制訂相應的控制對策和措施；負責全市地方病與寄生蟲病信息收集、匯總、整理，分析其流行規律，為制訂預防控制措施提供依據。
16.免疫規劃所
負責免疫針對疾病監測與免疫預防；指導和參與疑似預防接種異常反應監測、調查和處理; 免疫效果評價；免疫接種率監測；預防接種門診規范化管理；預防接種信息管理。
17.食品衛生所（國家食品安全風險評估中心海洋技術合作中心辦公室）
負責食品中化學污染物及有害因素監測、食源性疾病監測；參與食源性疾病暴發事件流行病學調查處置；參與各類大型活動的食品衛生保障，完成上級有關部門下達的食品安全風險監測或委托檢驗采樣工作；負責食品與營養調查、監測及評價等工作；承擔國家食品安全風險評估中心海洋技術合作中心日常業務工作。
18.環境衛生所
負責環境衛生監測、評價與技術指導；環境相關危險因素監測與健康風險評估；組織開展環境健康危害因素及水質監測、公共場所健康危害因素監測；環境污染健康危害事故調查與處置。
19.職業衛生所（青島市衛生健康委職業病鑒定辦公室）
負責職業病危害因素監測與健康風險評估、職業病危害因素的衛生學評價、職業中毒因素的干預與控制、慢性職業病防控、急性職業中毒現場檢測與處置；承擔職業病信息管理、職業病診斷鑒定管理、從業人員預防性健康體檢管理、職業健康體檢管理、高溫中暑信息網絡直報管理；承擔青島市衛生健康委職業病鑒定辦公室日常業務工作。
20.放射衛生所
負責放射工作場所防護監測、醫用射線裝置的防護和性能質量監測、放射工作人員個人劑量監測；承擔外照射個人監測系統網絡直報工作；承擔放射性核素監測工作；參與核與輻射突發公共衛生事件的輻射防護和個人劑量監測工作。
21.學校衛生所
負責制定中小學生健康工作規劃及重要衛生問題防制策略；開展學生常見病及健康相關因素監測、干預和防控等工作；開展對影響學生健康的學校衛生相關因素、危險因素的監測工作。
22.健康教育與促進所
負責擬定健康促進與健康教育工作規范和標準，對健康促進場所建設技術指導和評估；開展健康素養監測，組織健康促進與健康教育需求與效果評估，開展健康科普活動；實施健康傳播活動，提高公眾健康素養；開展煙草流行狀態監測和煙草危害科普。
23.基層衛生指導所
負責健康青島、愛國衛生等有關技術指導和技術支撐工作，統籌協調中心有關科室做好對應業務工作；負責基層基本公共衛生服務項目實施的技術指導工作；承擔老齡健康促進相關工作。
24.中醫防病所
負責中醫藥疾病預防相關工作；中醫藥預防控制艾滋病工作；中醫藥預防控制傳染病、常見病的宣傳教育工作；中醫藥基本公共衛生項目的技術指導；中醫藥健康文化素養調查。
25.質量管理所
負責實驗室質量控制體系建設、實驗室質量管理、生物安全管理；負責實驗室認證、認可及相關資質評審工作；組織實驗室日常監督檢查及有關制度的落實；負責編制、審核、簽發檢測報告。
26.病毒性疾病檢驗所
負責病毒性疾病的病原學、血清學、分子生物學等檢測檢驗；負責艾滋病確證實驗室和全市艾滋病篩查網絡實驗室管理；負責各種突發公共衛生事件相關檢測任務；開展病毒類傳染病診斷方法的研究。
27.細菌性疾病檢驗所
負責細菌性疾病、寄生蟲病、真菌等病原微生物的病原學、血清學、分子生物學等檢測檢驗；承擔健康相關產品的衛生微生物檢測檢驗；承擔各種突發公共衛生事件相關檢測任務； 開展細菌性傳染病診斷方法的研究工作。
28.理化檢驗所
負責食品衛生、環境衛生、職業衛生、消毒產品消毒效果、醫療機構以及養老托幼及其它與健康有關的物品材料衛生學的理化檢驗；負責食品化學污染物和有害理化因素的檢測；負責工作場所、公共場所及生活居住場所空氣質量及有害物質的檢測；負責突發公共衛生事件中有關樣品的理化檢測；負責食品、化學品、消毒產品的毒理檢測。
1.理化室：負責食品、食品包裝材料、食品添加劑有效成分檢驗；生活飲用水、二次供水、直飲水、涉水管材檢驗；化妝品、職業衛生檢驗。
2.消毒室：負責消毒、衛生產品質量、性能鑒定；醫院感染滅菌效果檢測。
3.毒理室：負責食品、化妝品、化學品和消毒產品的毒性測試。
29.健康大數據應用所（青島市衛生健康數據中心辦公室）
負責全市衛生健康信息化項目規劃、申報和項目組織實施管理；組織開展衛生健康信息系統開發、推廣和應用；承擔健康大數據資源的建設、管理和利用；承擔衛生健康信息統計；各類信息系統建設、維護和管理工作；承擔青島市衛生健康數據中心辦公室日常業務工作。

青島市疾病預防控制中心現有編制337名，在職人員333名，內設管理部室9個，業務機構20個。擁有博士35名，碩士及以上占比68.2%，高級職稱崗位比例為48%。現有省級醫藥衛生重點學科、重點實驗室2個，市級醫療衛生A類重點學科2個、B類9個。擁有國務院政府特殊津貼1人，青島市拔尖人才4人、市醫療衛生優秀學科帶頭人等47人。建成國家公共檢測實驗室1個、負壓生物安全二級實驗室6個。實驗室設備1.8億元，50萬元以上大型儀器設備70件。